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EN VIROLOGIE
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Dans le domaine des sciences, nombreux sont les sites Internet consacrés aux sciences. Plus rares sont ceux consacrés à la virologie, et , parmi eux, plus rares encore sont ceux disponibles en français. "Récentes perspectives en virologie" veut, dans la mesure du possible, combler cette lacune en faisant état chaque mois, et dans la langue de Molière, des tous derniers travaux dans divers champs de la virologie tant fondamentale qu'appliquée. On y trouvera une sélection qui, sans prétendre être exhaustive, porte sur les recherches virologiques les plus récentes au fur et à mesure qu'elles apparaissent dans les médias spécialisés.
De septembre à avril, le site sera constamment complété et mis à jour, aussi les lectrices et lecteurs intéressés sont-ils avisés de le consulter régulièrement au moins sur une base hebdomadaire.
Jean Robin, Ph.D.
DANS CE NUMÉRO DE RÉCENTES PERSPECTIVES EN VIROLOGIE
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1- STRUCTURE ET PROPRIÉTÉS DES VIRUS
Préservation de l'infectivité virale par le stabilisant RNAlater
Un pas important pour la compréhension de l'auto-assemblage des capsides du bactériophage P22
Mise en évidence du rôle positif d'un microARN dans la réplication du virus de l'hépatite C
3- ATTACHEMENT ET INTERNALISATION DES VIRUS
4- TRANSPORT INTRACYTOPLASMIQUE
7- MORPHOGÉNÈSE ET SYNTHÈSE IN VITRO
8- RELARGAGE
10-ONCOGÉNÈSE
11- INFECTION ET IMMUNITÉ
Demain, un vaccin universel contre la grippe?
Attribution d'un rôle antiviral aux mitochondries
Les complexes de coordination de métaux: prochaines drogues anti-virales?
Vers une nouvelle classe d'antirétroviraux: les inhibiteurs d'assemblage
Élucidation du mécanisme anti-viral de la défensine RC-2
Un traitement contre le SRAS pourrait être en vue
Les chercheurs identifient une nouvelle manière de combattre les maladies virales
Utilisation de la technique du "Phage Display" pour la mise au point de drogues anti-VIH
VIH: confirmation du
rôle de l'enzyme A3G chez les patients non
progresseurs
Identification d'un nouveau virus respiratoire infantile
Grippe: les résistances aux traitements en forte hausse
1- STRUCTURE ET PROPRIÉTÉS DES VIRUS
Préservation de l'infectivité virale par le stabilisant RNAlater
Les manipulations virales rencontrent des problèmes techniques - stabilisation incomplète de l'infectivité et perte d'activité - qu'il convient de surmonter. A cet égard, la communauté des virologues est toujours à la recherche de stabilisants nouveaux et plus performants.
On sait que, pour assurer la stabilisation et la protection des ARN dans les tissus, les scientifiques utilisent la solution tamponnée RNAlater (Qiagen). Un groupe de chercheurs vient de démontrer que ce même produit peut être utilisé avec succès pour stabiliser l'infectivité de virus nus ou enveloppés sur de longues périodes de temps.
Référence- Christine Uhlenhaut and Maren Kracht. Viral infectivity is maintained by an RNA protection buffer. Journal of Virological Methods. Volume 128, Issues 1-2 , September 2005, Pages 189-191
Un pas important pour la compréhension
de l'auto-assemblage des capsides du bactériophage
P22.
Une section importante de la virologie est celle qui se consacre à l'étude de l'assemblage des virus. Du moléculaire au supramoléculaire, le chemin mène vers un accroissement de complexité.
Certains virus se forment par un phénomène d'autoassemblage dans lequel les capsides se construisent à travers les interactions spontanées entre les objets moléculaires plus simples que sont les capsomères. L'autoassemblage en une architecture supra-moléculaire donnée se fait sur la base de l'information stockée au niveau moléculaire et de son traitement par des algorithmes définis par les interactions mises enjeu telles qu'elles s'expriment dans la reconnaissance moléculaire. Le processus s'apparente ainsi à un système programmé, à un assemblage spontané mais dirigé, s'effectuant suivant un certain programme et dont le produit est une entité matérielle ayant des propriétés structurales et fonctionnelles données.
Une caractéristique importante est l'apparition d'une propriété fondamentale, la coopérativité positive dans l'édification de l'ensemble à partir de ses composants au cours des diverses étapes. Le but de la chimie des processus d'autoorganisation est de les comprendre, de progressivement les contrôler afin de les mettre en œuvre pour la génération d'entités matérielles de plus en plus complexes, par une manipulation adéquate des phénomènes de reconnaissance moléculaire. Il s'agit de contrôler la coopérativité positive, soit la structure et la dynamique de systèmes complexes, leur thermodynamique et leur cinétique au moyen des processus de reconnaissance moléculaire.
Dans cette optique, une équipe de chercheurs a étudié l'effet de la composition de divers tampons sur les interactions nécessaires à l'autoassemblage spontané de la capside du bactériophage P22. Différentes concentrations de divers sels ont été ajoutées à la solution d'assemblage. Il s'est avéré que la concentration et le type de sel ont été cruciaux pour l'assemblage du support (nucléation) autour duquel se poursuit l'autoassemblage. L'examen au microscope électronique a montré alors que la nucléation à de basses concentrations en sel s'est aisément produite mais a mené subséquemment à la formation de capsides incomplètes hémisphériques. Cependant la marge des capsides partielles est demeurée compétente pour la poursuite de l'assemblage car l'addition de protéine de structure a pu déclencher la complétion de procapsides. L'addition de sel aux capsides partielles a également causé la finalisation des procapsides. En outre, chaque sel a affecté différemment les taux d'assemblage et l'ampleur de la formation des procapsides. Les scientifiques en concluent que les basses concentrations salines augmentent l'affinité des protéines qui forment donc des noyaux excessifs, les niveaux des protéines restantes étant alors insuffisant pour mener à l'assemblage de capsides complètes.
Référence - Kristin N. Parent, Shannon M. Doyle, Eric
Anderson and Carolyn M. Teschke. Electrostatic interactions
govern both nucleation and elongation during phage P22
procapsid assembly. Virology. Volume 340, Issue 1, Pages
33-45 (15 September 2005)
Mise en évidence du
rôle positif d'un microARN dans la réplication
du virus de l'hépatite C
Alors que des travaux précédents avaient prouvé que les microARN peuvent scinder les ARN messagers et réprimer leur traduction en se liant avec leur région non-codante 3', une nouvelle étude montre que ces molécules peuvent interagir avec la partie 5' des ARNm et, ainsi, réguler de façon positive l'expression génétique
Le génome humain contient environ 800 gènes qui codent pour des microARN. Les auteurs montrent qu'un de ceux-ci, soit le miR-122, qui représente 70% des microARN trouvés dans le foie, est utilisé par le virus de l'hépatite C pour sa réplication.
Référence - C.L. Jopling et al.,
"Modulation of hepatitis C virus RNA abundance by a
liver-specific microRNA," Science, 309:1577-81, September 2,
2005.
3- ATTACHEMENT ET
INTERNALISATION DES VIRUS
Le virus du SRAS pénètre dans les cellules par un processus spécial d'endocytose utilisant des enzymes. Retombées cliniques possibles.
On sait que pour entrer dans une cellule, certains virus se lient aux récepteurs sur la surface de la cellule hôte. Une fois attaché au récepteur, le complexe virus-récepteur est internalisé par endocytose dans des vésicules recouvertes de clathrine. En migrant vers l'intérieur de la cellule, ces vésicules perdent la clathrine et enclenchent une pompe à protons qui baisse le pH interne. A pH acide, la protéine de fusion (agglutinine) change de conformation, devient active et fusionne l'enveloppe virale à la membrane de l'endosome.
Un groupe de chercheurs vient de démontrer que, dans le cas du virus du SRAS, ce n'est pas simplement le changement conformationnel induit par le bas pH qui est responsable de la fusion et qu'un processus supplémentaire est requis.
Plus spécifiquement, les protéines de membrane du virus du SRAS doivent être coupées par des enzymes cellulaires spéciales (cathepsines). Les protéines de fusion peuvent alors s'unir avec la paroi de la vésicule, de sorte que les protéines virales et les acides nucléiques puissent pénétrer dans le cytoplasme où la réplication virale pourra alors avoir lieu.
Les chercheurs ont aussi pu constater que plusieurs inhibiteurs chimiques des cathepsines bloquaient l'infection par le virus du SRAS de lignées de cellules humaines.
Référence - Graham Simmons et al
Inhibitors of cathepsin L prevent severe acute respiratory
syndrome coronavirus entry. PNAS | August 16, 2005 | vol.
102 | no. 33 | 11876-11881
4- TRANSPORT
INTRACYTOPLASMIQUE
7 -
MORPHOGÉNÈSE ET SYNTHÈSE IN
VITRO
8-
RELARGAGE
10- ONCOGÉNÈSE
11- INFECTION ET
IMMUNITÉ
Les ARN interférents pourraient inhiber la réplication du virus responsable du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS)
Rappelons que les ARN interférents (ARNi) sont des fragments d'ARN qui ont la capacité de bloquer l'expression d'un gène. Cela empêche la fabrication des protéines virales, donc de nouveaux virus. Les ARNi sont ainsi devenus un nouveau moyen de lutte antivirale. A la liste des virus concernés, une équipe de chercheurs vient d'ajouter l'agent du SRAS.
En effet, les scientifiques ont montré que, sur une cinquantaine d'ARNi mis au point pour s'attaquer à des parties bien précises du génome viral, deux se sont révélés plus efficaces. Ces fragments injectés à des singes rhésus infectés par le virus du SRAS ont permis aux animaux de ne pas développer tous les symptômes de la maladie.
Référence - Bao-jian Li et al. Using siRNA in prophylactic and therapeutic regimens against SARS coronavirus in Rhesus macaque. Nature medicine. Published online: 21 August 2005
Demain, un vaccin universel contre la
grippe?
Selon l'Organisation mondiale de la santé (OMS), entre dix et 20 pour cent de la population mondiale contractent la grippe chaque année, qui cause de 250.000 à 500.000 morts. La vaccination constitue la meilleure méthode de protection, mais l'une des caractéristiques du virus de la grippe est que son enveloppe extérieure évolue progressivement, devenant ainsi "invisible" pour les anticorps qui se sont accumulés dans l'organisme lors de précédentes infections ou vaccinations, et facilitant l'instauration d'une nouvelle épidémie par des souches modifiées.
L'élément le plus préoccupant est la menace d'un nouveau virus de la grippe humaine doté d'une enveloppe extérieure considérablement modifiée - un phénomène qui peut se produire plusieurs fois par siècle. Une telle épidémie peut contaminer jusqu'à 50 pour cent de la population mondiale et, lors du dernier épisode majeur - celui de la grippe espagnole entre 1917 et 1920 -, 50 millions d'individus ont péri.
A l'heure actuelle, les représentants de l'OMS déterminent chaque année les trois virus de la grippe les plus susceptibles d'entraîner une épidémie l'hiver suivant, ces candidats servant alors à produire un vaccin. Cependant, de nouvelles souches apparaissant quasiment chaque année, les vaccinations doivent être répétées à cette même fréquence pour réduire les chances d'attraper la grippe d'environ 80 pour cent.
Le nouveau vaccin, développé par les chercheurs de l'Institut interuniversitaire flamand de biotechnologie (VIB) en association avec l'entreprise pharmaceutique britannique Acambis , est différent en cela qu'il cible le domaine extracellulaire de la protéine M2 du virus de la grippe. Ce domaine est fortement préservé, même après la modification du virus, et est pratiquement identique pour toutes les souches humaines. Un vaccin reposant sur la protéine M2 offrira ainsi une protection contre toutes les variantes de la grippe, et n'aura pas besoin d'être administré chaque année, d'où une meilleure protection en cas de pandémie.
Une autre caractéristique du nouveau vaccin est que, contrairement aux vaccins actuels élaborés en récoltant des protéines de virus cultivées en laboratoire, le composant actif de la protéine M2 est produit à partir de bactéries, d'où un procédé de fabrication plus efficace, plus sûr et meilleur marché.
On espère que la collaboration belgo-britannique actuelle contribuera à empêcher une éventuelle pandémie.
Référence - consulter le site web suivant:
L'enzyme de type 2 de conversion de
l'angiotensine ou ACE2 joue un rôle central in vivo
dans les processus d'infection par le virus du syndrome
respiratoire aigu sévère ou
SRAS.
Les auteurs de la découverte expliquent que des travaux sur des lignées cellulaires avaient suggéré le rôle de l'ACE2 (angiotensin-converting enzyme 2) dans l'infection par le virus du SRAS. Aujourd'hui, l'équipe montre pour la première fois que l'ACE2 est le récepteur du virus du SRAS in vivo. Plus précisément, Josef Penninger et ses confrères de l'institut viennois de biotechnologie moléculaire ont pu démontrer sur des souris que l'infection par le SRAS réduisait l'expression d'ACE2, endommageant les vaisseaux sanguins pulmonaires, d'où, en fin de compte, une inondation des poumons.
Au-delà du résultat fondamental de ces travaux, ces données apportent des explications sur l'insuffisance pulmonaire sévère consécutive à l'infection et sur d'éventuels traitements contre le virus.
Référence - Keiji Kuba…. Josef Penninger. A
crucial role of angiotensin converting enzyme 2 (ACE2) in
SARS coronavirus-induced lung injury. Nature Medicine 11,
875 - 879 (2005)
Attribution d'un rôle
antiviral aux mitochondries
Dans le numéro de février 2005 de "Récentes perspectives en virologie", nous avions relaté comment un gène essentiel, appelé RIG-I, déclenche une cascade de défenses immunitaires quand un virus se répliquait dans les cellules humaines. Une protéine synthétisée par le gène se liait physiquement au matériel génétique du virus. La protéine RIG-I, alors conformationnellement modifiée, intiait une chaîne de signaux à destination d'autres protéines qui activaient un facteur de transcription appelé le facteur 3 de régulation d'interféron 3 (IRF-3). Ce facteur activait les gènes responsables de la production de l'interféron, qui inhibait la réplication virale.
On savait, par ailleurs, que le changement conformationnel de la même molécule RIG avait également la capacité de susciter la synthèse du facteur de transcription NFkB, facteur qui est impliqué dans les réponses inflammatoires et immunitaires
Voici qu'un groupe de chercheurs démontre que les mitochondries jouent également un rôle dans les deux précédents phénomènes. Selon ces scientifiques, grâce à une protéine particulière contenue dans leur membrane (MAVS ou mitochondrial antiviral signaling molecule), les mitochondries auraient la propriété d'activer les facteurs IRF-3 et NFkB. L'importance de MAVS est démontrée par le fait que les cellules expérimentalement privées de MAVS sont vulnérables à l'infection virale, tandis que celles ayant un excès de MAVS sont résistantes à de telles infections.
La nouvelle découverte pourrait avoir des implications cliniques importantes. On peut, en effet, espérer, quand les mécanismes moléculaires d'action de MAVS seront compris, augmenter l'activité de la molécule.
Référence- Rashu B. Seth, Lijun Sun, Chee-Kwee
Ea, and Zhijian J. Chen. Identification and Characterization
of MAVS, a Mitochondrial Antiviral Signaling Protein that
Activates NF-?B and IRF3. Cell (In Line) Volume 122 Issue 4:
August 25, 2005
Les complexes de coordination de métaux:
prochaines drogues anti-virales?
Les compagnies pharmaceutiques synthétisent des drogues à partir d'un nombre limité de molécules, utilisant seulement environ une demi-douzaine de plus de 100 éléments chimiques connus. Par ailleurs, les bactéries et les virus résistants à de telles drogues émergent.
Confrontée à un tel problème, la communauté scientifique doit nécessairement chercher à élargir le spectre des éléments constitutifs des drogues.
C'est pourquoi un chercheur américain, James Cowan, a conçu de nouvelles molécules, appelées complexes de coordination de métaux (association de certaines macromolécules organiques et de métaux de transition) qui imitent l'activité des enzymes normales qui détruisent l'ADN, l'ARN, et les protéines. Les résultats de sa recherche viennent de faire l'objet d'une présentation dans le cadre du Meeting de l'American Chemical Society à Washington, DC.
Les complexes fonctionnent de deux manières. Certains utilisent lese réactions où il y a transfert d'éléctrons d'un composé à un autre (réaction d'oxido-réduction ou redox), d'autres emploient l'hydrolyse, c'est à dire la fragmentation d'une substance en plusieurs autres substances plus petites par addition chimique de l'eau. Dans les deux cas, les molécules-cibles sont détruites, ce qui rend ces complexes différents de la plupart des drogues qui, elles, sont conçues pour se lier aux molécules afin d'inhiber leur fonction. Ceci est particulièrement intéressant, étant donné que le fait de détruire complètement la molécule-cible diminue également la chance qu'un virus puisse développer une résistance à celle-ci.
Cowan et ses collègues ont mis au point différents complexes qui lysent les portions d'ARN nécessaires au fonctionnement des virus du SIDA et de l'hépatite C. Dans des essais in vitro, ces complexes ont visé et détruit sélectivement ces structures particulières d'ARN.
Les métaux peuvent être toxiques, aussi un des obstacles potentiels à l'utilisation en clinique des complexes de coordination est que la Food and Drug Administration n'a pas encore mis au point des procédures pour homologuer ce type de composés. Toutefois, Cowan est confiant que la situation changera bientôt, étant donné l'urgence de solutions de rechange aux drogues traditionnelles.
Source - http://researchnews.osu.edu/archive/metalmed.htm
Vers une nouvelle classe
d'antirétroviraux: les inhibiteurs
d'assemblage
Depuis la découverte du virus, les traitements permettant d'en limiter la prolifération ont fait d'énormes progrès, si bien que maintenant les malades peuvent vivre une vie quasi normale. Cependant, il n'existe à l'heure actuelle aucun traitement permettant de guérir du Sida. Les nouvelles thérapies sont efficaces, mais il y a plusieurs ombres au tableau. D'une part, on estime que 10% des malades sont en échec thérapeutique et, d'autre part, les traitements sont encore très lourds, il faut les suivre rigoureusement, et sont parfois mal supportés par l'organisme.
Les différentes classes de molécules antivirales actuellement disponibles ont pour but de bloquer une étape essentielle à la multiplication du virus. Actuellement, trois de ces étapes sont prises pour cible, soit la pénétration (fusion), la synthèse protéique (protéase) et la rétrotranscription (transcriptase inverse).
Cependant, la facilité de mutation du VIH le rend facilement résistant à ces drogues. Dès lors, la mise au point de nouveaux agents antirétroviraux demeure nécessaire. Dans un article, on décrit une nouvelle classe prometteuse d'antirétroviraux, soit les molécules qui interfèrent avec l'assemblage du virus.
Référence - Melanie Brazil . HIV-1: Viral assembly
inhibitors on the horizon. Nature Reviews Drug Discovery 4,
716-716 (01 Sep 2005)
Élucidation du mécanisme
anti-viral de la défensine RC-2
Identifiés la première fois, il y a plus de 20 ans, les défensines sont des peptides naturellement produits par le système immunitaire pour lutter contre les virus. Jusqu'ici, on ignorait comment ces molécules fonctionnaient.
Voici que des scientifiques viennent de découvrir que la défensine appelée rétrocycline-2 (RC2) se lie, dans les membranes cellulaires, aux aux protéines contenant des hydrates de carbone. Ce mécanisme érige des barricades moléculaires qui empêchent les virus de pénétrer et d'infecter les cellules. RC2 bloque ainsi les virus au tout premier stade de réplication.
L'équipe a démontré l'efficacité de RC2, dans des lignées de cellules humaines humaines et animales, contre le virus de la grippe. D'autres études des mêmes chercheurs suggèrent par ailleurs que RC2 serait prometteur également contre le VIH et les virus Herpès. À la différence des anticorps, les défensines ne sont pas spécifiques de pathogènes donnés; ainsi, en plus de bloquer les virus, RC2 pourrait également inhiber plusieurs bactéries qui sont fortement résistantes aux antibiotiques conventionnels
Référence - Eugenia Leikina et al.
Carbohydrate-binding molecules inhibit viral fusion and
entry by crosslinking membrane glycoproteins. Nature
Immunology. Sept. 11 online edition.
Un traitement contre le SRAS pourrait
être en vue
Des scientifiques ont examiné chacun des représentants de trois groupes distincts de coronavirus, y compris ceux responsables des rhumes, de la bronchite et de la pneumonie, et ont constaté que leurs protéases (une protéine qui commande et active la réplication virale) respectives partagent avec celle du virus du SRAS une séquence et une structure très semblables.
Les chercheurs ont alors créé une molécule synthétique conçue pour se lier à la protéine et, ainsi, inhiber son activité. Les résultats montrent que l'inhibiteur a pu réduire, par un facteur de dix-mille, la réplication virale dans des lignées cellulaires infectées.
La molécule est effective sur chacun des huit coronaviruses examinés, et parce qu'elle se lie à une séquence commune, il est également possible de l'utiliser contre d'autres coronavirus.
Référence - New Scientist magazine, 10 September 2005, page 20
Les chercheurs identifient une nouvelle
manière de combattre les maladies
virales
La plupart des thérapies antivirales ciblent le virus lui-même, mais ceux-ci sont prompts à déjouer les tentatives pour les neutraliser. En effet, ils mutent rapidement et deviennent résistants à presque n'importe quel composé antiviral.
Compte tenu de ce fait, une équipe de chercheurs a essayé de se concentrer sur la cellule-hôte plutôt que sur le virus lui-même, espérant ainsi identifier de nouvelles manières de combattre les maladies virales. Les scientifiques viennent de présenter leurs résultats.
Ils ont identifié une protéine cellulaire appelée Rab9-GTPase - un facteur requis pour la réplication des virus dans les cellules. La voie métabolique de Rab9 permet aux virus de sortir de la cellule en facilitant le transport vésiculaire (endosomes viraux compris) juqu'aux membranes de sortie. La perturbation de la voie métabolique de Rab9-GTPase a permis à l'équipe de diminuer la capacité de quatre virus différents - Marburg, Ebola, VIH-1, et virus de la rougeole - à se disséminer et à produire une infection.
Ainsi, quatre maladies virales apparemment indépendantes peuvent faire l'objet d'un traitement simple identique. Ceci suggère que Rab9 et d'autres composants de cette voie vésiculaire de sortie pourraient être les cibles de thérapies antivirales pour un grand nombre de virus. Bien sûr, le blocage de Rab9 peut avoir des effets secondaires significatifs, mais il y a des gens qui vivent sans Rab9. Bien qu'ils aient des problèmes métaboliques, ils peuvent généralement contrôler ceux-ci avec un régime approprié et des médicaments.
Référence - James L. Murray … Thomas W. Hodge.
Rab9 GTPase Is Required for Replication of Human
Immunodeficiency Virus Type 1, Filoviruses, and Measles
Virus. J. Virol. 2005 79: 11742-11751
Des chercheurs inventent une nouvelle
technique, dite d'auto-stop (hitchhiking), pour utiliser les
virus dans la lutte anti-tumorale
En utilisant des souris, une équipe de la clinique Mayo a prouvé que les particules de retrovirus pourraient s'attacher avec succès à la surface des cellules T primaires et ainsi être transportées sans risque (auto-stop ou hitchhiking) dans les organismes en évitant la détection (et la destruction) par le système immunitaire - réussissant donc à atteindre les tumeurs, cibles des cellules T. Les chercheurs ont également démontré qu'une fois qu'ils atteignaient les tumeurs, les transporteurs viraux pouvaient transférer avec succès un gène anti-tumoral aux cellules, produisant ainsi des taux significatifs de guérison ou de réduction métastatique.
Le travail est encore expérimental et non-opérationnel pour les patients humains. Mais, si des études ultérieures valident ces résultats, l'approche thérapeutique d'auto-stop pourra faire l'objet d'épreuves cliniques. Les résultats qu'on pourra en attendre seront fortement significatifs, car cette méthode d'attachement, en plus d'être hautement sélective (visant des cellules particulières), est aussi plus efficace (car assurant une entrée efficace du gène thérapeutique dans les cellules tumorales). Par ailleurs, gain supplémentaire, les cellules T aident également à détruire les tumeurs.
Références -
Current edition of Nature Medicine:
http://www.nature.com/nm/index.html
Communiqué de la Clinique Mayo:
http://www.mayoclinic.org/news2005-rst/3038.html
VIH
Utilisation de la technique du "Phage Display" pour la mise au point de drogues anti-VIH
On sait que Nef est un des gènes du virus du VIH particulièrement important pour déclencher une atteinte du système immunitaire et un SIDA. En effet, si le gène Nef du virus est absent ou non fonctionnel, celui-ci ne peut plus déclencher de maladie. De plus, dans des expériences chez l'animal, il a été montré que les virus sans leur gène Nef, non seulement ne causent pas de maladie, mais sont capables de protéger l'animal d'une infection par un virus pleinement actif.
C'est une piste sérieuse poursuivie par les chercheurs pour trouver de nouveaux médicaments contre le SIDA, notamment en essayant de mettre aux points des drogues anti-Nef.
La difficulté réside dans le fait qu'il existe de très nombreuses variations génétiques de la protéine Nef.
Un groupe de chercheurs veut utiliser la méthodologie du phage display, c'est à dire la présentation de peptides à la surface de phages filamenteux, pour sélectionner les molécules qui présentent les meilleures affinités pour les divers variants de Nef. Dans leur travail, les phages filamenteux sont utilisés pour présenter à leur surface, en fusion avec le domaine amino-terminal de leurs protéines pIII ou pVIII, de très nombreux variants de la molécule Nef. Ces phages recombinants sont ensuite sélectionnés pour leur capacité de liaison à une cible (molécules anti-virales putatives). Les chercheurs veulent ainsi identifier une protéine qui aurait la propriété de se fixer à tous les variants de la protéine Nef.
Source - http://www.eurekalert.org/pub_releases/2005-08/uoc--hvm082605.php
VIH: confirmation du rôle de l'enzyme A3G
chez les patients non progresseurs
En dépit d'une intensive recherche globale, le SIDA reste toujours un puzzle non résolu. Par exemple, on n'est pas encore très sûr pourquoi cinq pour cent des patients affectés par le VIH ne développent pas la maladie, ou ne le font que très lentement (patients non progresseurs).
Une recherche menés sur de tels patients suggérait que que ceux-ci maintenaient des niveaux plus élevés d'une enzyme appelée Apobec-3g (A3G). Celle-ci, pensait-on, était capable de provoquer des changements du code génétique du VIH bloquant ainsi sa réplication. Une récente étude confirme la présence et le rôle de A3G chez les non-progresseurs.
Pour confirmer qu'A3g offre une protection forte contre leVIH, les chercheurs ont mesuré les niveaux del'enzyme dans les cellules immunes de six personnes non atteintes et de 25 patients infectés par le virus. Ils ont alors constaté que des niveaux plus élevés d'A3g étaient étroitement corrélés à de bas niveaux viraux. En outre, l'équipe a déterminé que les non-progresseurs possédaient les plus hauts taux de A3G, suivis par les individus non infectés et, finalement, par ceux qui progressaient vers la maladie.
Référence -
Xia Jin…..and
Harold Smith. APOBEC3G/CEM15 (hA3G) mRNA Levels Associate
Inversely with Human Immunodeficiency Virus Viremia. Journal
of Virology, September 2005, p. 11513-11516, Vol. 79, No.
17.
Grippe aviaire : un traitement préventif et la mise en quarantaine peuvent contenir une pandémie naissante
La grippe aviaire poursuit son funeste périple. L'ouverture récente d'un front eurasien du virus augmente le réservoir animal qui pourrait déclencher une pandémie. Pour l'heure, le virus H5N1 ne se transmet toujours pas d'homme à homme. Mais rien n'assure que ce ne sera pas le cas demain. Cette incertitude n'a pas empêché deux équipes de chercheurs, l'une britannique, l'autre américaine, de simuler le pire. A l'aide d'ordinateurs et de probabilités, elles ont modélisé l'explosion d'une pandémie, mais aussi les stratégies pour la contenir. L'une des études est publiée aujourd'hui dans la revue Nature, l'autre le sera demain dans Science.
L'équipe de Neil Ferguson, du département d'épidémiologie de la faculté de médecine de Norfolk, a réalisé celui qui paraît dans Nature (1). Le modèle choisi est la population thaïlandaise, c'est-à-dire 85 millions d'individus répartis sur un territoire limitrophe de nombreux autres pays. Les scientifiques ont pris en compte les modes de vie des habitants, le nombre de contacts quotidiens, leurs modes de déplacement, et ont utilisé différentes hypothèses : dans l'hypothèse basse, le virus se propage d'une personne à l'autre et une personne malade infecte en moyenne 1,5, le virus se déclare en 2,6 jours ; 50 % des cas seulement sont diagnostiqués, le pic de contamination survient au 150e jour et 33 % de la population est infectée. Dans l'hypothèse haute (un malade contamine 1,8 personne), le pic survient au 100e jour et la moitié du pays est atteinte..
Toutefois, les mêmes scientifiques suggèrent qu'une réserve internationale d'un stock de 3 millions d'antiviraux, combinés avec d'autres interventions, pourrait empêcher une pandémie. Selon leur modèle, le traitement des individus infectés et de leurs proches, ainsi que la fermeture des écoles et des lieux de travail, pourrait avoir 90 pour cent de chances d'arrêter la diffusion d'un virus pandemique. Ferguson souligne que le succès dépendrait de la rapidité de détection des premiers cas et de l'a mise en place rapide des mesures de santé publique
La modélisation imaginée par des chercheurs dirigés par Elizabeth Halloran et parue dans Science (2) concerne une population de 500 000 individus répartis sur 5 000 km2, mais la propagation du virus est sensiblement la même. Les chercheurs montrent également qu'une stratégie incluant l'administration ciblée d'antiviraux, la mise en quarantaine et la pré-vaccination, même avec un vaccin peu efficace, pourrait potentiellement contenir l'épidémie. A condition bien sûr d'agir très vite après la détection du premier cas et… à condition également de pouvoir bénéficier d'un stock important d.antiviraux.
Sur ce plan, plusieurs pays ont déjà fait des réserves d'antiviraux et l'OMS est en train de constituer un stock international de trois millions de doses. C'est, avec la surveillance de la maladie et l'élaboration de vaccins, un composant essentiel de la lutte contre le virus.
Références -
(1) Neil M. Ferguson et al. Strategies for containing an emerging influenza pandemic in SE Asia Advance Online Publication, 3 August 2005. DOI 10.1038/nature04017
(2) Elizabeth Halloran et al. Drugs, Quarantine Might Stop a Pandemic Before It Starts. Science 5 August 2005: 870-871
Identification d'un nouveau virus respiratoire infantile
Bien qu'un certain nombre de virus puissent causer des maladies pulmonaires, environ 12 à 39 pour cent de ces dernières ont une origine indéterminée. Pour déterminer si un virus non identifié contribuait à ce type d'affections, Tobias Allander et ses collègues de l'institut Karolinska à Stockholm, Suède, ont recherché de l'ADN viral dans des échantillons de poumon provenant de patients hospitalisés.
Les chercheurs ont ainsi pu détecter sept espèces de virus dans les échantillons, dont un provisoirement appelé bocavirus humain HBoV. Tous les échantillons HBoV-positifs provenaient d'enfants en bas âge.
Pour savoir si HBoV était directement associé aux infections pulmonaires, les chercheurs ont examiné 540 échantillons collectés dans le Service des infections pédiatriques. Ils constatèrent que 17 enfants souffrant d'infection pulmonaire étaient positifs pour HBoV. HBoV a été trouvé principalement dans des échantillons négatifs pour d'autres virus respiratoires, ce qui suggère qu'il est bien la cause des infections en question.
Les chercheurs estiment par ailleurs que leur méthode de criblage à grande échelle de l'ADN pourra être utile pour découvrir d'autres virus responsables de maladies d'origine inconnue.
Référence - Tobias Allander, Martti T. Tammi, Margareta Eriksson, Annelie Bjerkner, Annika Tiveljung- Lindell, and Björn Andersson. Cloning of a human parvovirus by molecular screening of respiratory tract samples. PNAS published August 23, 2005, 10.1073/pnas.0504666102
Une espèce de chauve-souris est porteuse d'un virus très proche du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS)
Apparu chez l'homme en Chine en 2003, le virus du syndrome respiratoire aigu sévère aurait été à l'origine transmis à l'homme par des civettes, animaux vendus sur les marchés du sud de la Chine, chez lesquels le coronavirus du SRAS a été découvert. Cependant, il n'est pas certain que les civettes soient le seul réservoir du virus : elles n'ont peut-être été qu'un hôte permettant au virus d'évoluer avant de passer à l'être humain.
Cette hypothèse est aujourd'hui renforcée par la découverte de chercheurs de Hongkong qui ont identifié chez une chauve-souris sauvage un coronavirus très proche de celui qui est responsable du SRAS chez l'homme.
L'équipe a traqué le coronavirus chez plusieurs espèces d'animaux sauvages de leur région. Ils ont découvert un virus très proche à 90% de celui du SRAS dans 23 échantillons sur 59 prélevés sur des chauves-souris sauvages (Rhinolophus sinicus). L'analyse génétique révèle que ces coronavirus partagent probablement un ancêtre commun.
Les chercheurs, n'ont pas démontré que la chauve-souris avait transmis le virus à d'autres animaux ni évalué le pouvoir infectieux de la souche virale. Cependant, sachant que les chauves-souris sont le réservoir d'autres virus émergents, comme Hendra et Nipah, que ces chiroptères sont des mets très appréciés en Chine, en Malaisie ou en Indonésie, et que leurs excréments sont utilisés par la médicine chinoise, les chercheurs estiment qu'il est important de surveiller les coronavirus chez ces mammifères volants.
Référence - Susanna K. P. Lau … Kwok-Yung Yuen. Severe acute respiratory syndrome coronavirus-like virus in Chinese horseshoe bats. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. Published online before print September 16, 2005
Grippe: les résistances aux traitements en forte hausse
Le phénomène de résistance d'un virus à des molécules dirigées contre lui est bien connu des virologistes . Les virus grippaux ne font pas exception.
En effet, alors que, face à l'amantadine et la rimantadine, prescrits depuis une trentaine d'années, les résistances des virus étaient jusqu'à présent restées stables, il appert que la résistance à ces traitements anti-grippe a rapidement augmenté ces dernières années. En examinant plus de 6.500 souches du virus H3N2, qui revient à chaque saison de grippe, les chercheurs ont observé que, globalement, le taux de virus résistants aux deux antiviraux est passé de 0,4% au milieu des années 90 à 12,3% en 2004. L'évolution est particulièrement alarmante en Asie. En Chine par exemple, ce taux était inférieur à 10% en 2002 mais il est passé à 58% en 2003 puis 74% en 2004.
Le phénomène pourrait s'expliquer par les épidémies de grippe aviaire -passée à l'homme pour la première fois à Hong Kong en 1997- puis la crise du SRAS. Ces évènements ont pu favoriser la montée des résistances en augmentant, chez les populations prises de panique, la consommation d'antiviraux. Il y a donc lieu d'informer le corps médical contre une utilisation abusive de l'oseltamivir (Tamiflu), l'antiviral aujourd'hui stocké en prévision d'une épidémie mondiale de grippe aviaire.
Référence - Incidence of adamantane resistance among influenza A (H3N2) viruses isolated worldwide from 1994 to 2005: a cause for concern. In The Lancet, edition on line. DOI:10.1016/S0140-6736(05)67338-2
Grippe aviaire: mise au point prochaine d'un vaccin expérimental hautement efficace qui permettrait d'augmenter la capacité de production.
La souche H5N1 du virus grippal, dite souche aviaire, pourrait être, selon des spécialistes, à l'origine d'une pandémie (épidémie mondiale) de grippe si le virus s'adaptait à l'homme et devenait aussi facilement transmissible entre humains qu'un virus de la grippe saisonnière. D'après l'OMS, la prochaine pandémie pourrait entraîner 1 à 2,3 millions d'hospitalisations et 280 000 à 650 000 décès, rien que dans les pays industrialisés. Son effet pourrait très probablement être encore plus dévastateur dans les pays en développement. Contre la grippe aviaire, il n'existe actuellement que des vaccins expérimentaux.
L'un de ceux-ci, mis au point par le laboratoire Sanofi Pasteur (groupe Sanofi-Aventis), le leader dans la production de vaccins contre la grippe, semble prometteur, mais les doses virales qu'il exige sont de 12 fois supérieures à celles contenues dans un vaccin antigrippal normal. Dans ces conditions la capacité maximale de production ne peut être que de 25 millions de doses par année, ce qui est loin de couvrir les besoins en cas d'éventuelle pandémie. Il est donc essentiel de pouvoir trouver un vaccin qui serait efficace à de plus faibles doses.
Dans ce but, Sanofi Pasteur vient d'annoncer avoir conclu un contrat de 100 millions de dollars (81,85 millions d'euros) avec le ministère de la Santé américain pour la production d'un tel vaccin. Ce contrat "prévoit la production, par Sanofi-Pasteur, d'un vaccin sous forme concentrée en vrac, entre début septembre et fin octobre" 2005, selon un communiqué du laboratoire. La production du vaccin se fera à Swiftwater (Pennsylvanie) siège de la société aux Etats-Unis.
Les essais actuellement en cours portent sur des doses aussi faibles que 3,5 microgrammes, qui, si elles s'avèrent efficaces, quadrupleraient le nombre de doses vaccinales que l'on pourrait produire.
Source - NewScientist.com news service. 18:18 16 September 2005
18-20 Sept. 5th International Retroviral Nucleo Capsid Symposium to in Montreal, Quebec, Canada.
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